В феврале 1999 года, 20 лет назад, в Музее Природы и Человека создан Центр археологических исследований (отдел археологии). Первыми сотрудниками центра стали молодые специалисты-археологи из Томского государственного университета – Дмитрий Стародумов, Дмитрий Пахоруков и Оксана Приступа (Белогай). Центр возглавил Дмитрий Стародумов, а в 2010 году его сменила Оксана Приступа.
Создание данной структуры стало огромным вкладом в изучение древнего наследия югорского края. До 1999 года археологические коллекции хранились в этнографическом и историческом фондах музея и зачастую их обработкой и описанием занимались не профессиональные археологи, а специалисты из смежных областей – историки, этнографы, краеведы.
Первым официальным штатным археологом в музее была Т.П. Воробьёва, приехавшая по распределению в Ханты-Мансийск в 1955 г. из Свердловска. Кроме научной обработки археологических фондовых предметов, Татьяна Петровна участвовала в организации и работе комплексной экспедиции с участием ныне именитого учёного, а тогда аспирантки Института этнографии АН СССР З.П. Соколовой. Молодой специалист провела исследования археологических памятников возле г. Ханты-Мансийска и с. Селиярово. После отъезда Т.П. Воробьёвой в 1958 г. работы с археологическим фондом прекратились.
Одновременно с созданием отдела в 1999 году археологические коллекции были выделены в самостоятельный фонд. С этого времени началось учётно-хранительское направление деятельности, которое заключалось в составлении описей и шифровки коллекций. Если на момент основания отдела археологический фонд насчитывал чуть более 5 тыс. ед. хранения, то на сегодняшний день он составляет порядка 60 тыс. ед. хранения.
Источником поступления археологических предметов являлась, как экспедиционная деятельность, так и случайные находки. Например, первые археологические артефакты – уникальные бронзовые зеркала, были переданы в 1936 г. остяко-вогульским отделением НКВД. Археологические экспедиции в округе проводились и сотрудниками музея, и приезжими специалистами. Первую экспедицию окружного музея провела Т.П. Воробьёва в 1956 г. в Березовском районе.
За 20 лет работы специалистами отдела археологии было проведено свыше 30 полевых исследований, которые включали в себя археологические раскопки, разведки и научные экспертизы. Так, раскопано городище Увал: полевые работы 1999, 2001, 2002, 2003 гг. – руководитель О.И. Приступа. Проведены аварийно-спасательные раскопки археологических памятников в деревне Няксимволь: 2003 и 2007 гг. руководитель Д.О. Стародумов; 2016 г. – руководитель Д.А. Сурков; 2017 г. – руководитель Т.Н. Собольникова. В 2012 г. раскопан средневековый могильник Чемаши (руководитель Н.Г. Комова). В 2017 г. под руководством О.И. Белогай (Приступа) осуществлялись археологические работы на поселении Горное-2. В результате многочисленных разведок открыто несколько десятков древних поселений и городищ, относящихся к различным хронологическим периодам.
Кроме полевой работы сотрудники отдела археологии занимались созданием выставочных проектов. В 2005 году в зале Истории музее состоялось открытие постоянной археологической экспозиции «Древности». Кроме этого, организовано несколько десятков временных выставочных проектов, таких как «История северной цивилизации», «Окно в бесконечность», «Живая земля», «Серебро древней Югры», «Древо Жизни», «История Кондинского монастыря», «Священная Кедровая Роща» «Пойковский клад» и др. К многим проектам изданы каталоги.
Сотрудниками отдела написано множество научных и научно-популярных публикаций и изданий, некоторые из которых получили престижные награды.
В 2016 г. в отделе археологии выделен сектор по сохранению и использованию объектов культурного наследия, в который вошло 3 человека. В настоящее время в отделе археологии работает 5 сотрудников: заведующий отделом археологии, кандидат исторических наук – Александр Шмидт; заведующая сектором сохранения и использования объектов культурного наследия отдела археологии, кандидат исторических наук – Татьяна Собольникова; старшие научные сотрудники – Алёна Кузина и Михаил Гизбрехт; хранитель археологического фонда, старший научный сотрудник – Анна Попкова.
В рамках работы по сохранению и использованию объектов культурного наследия в 2018 году при грантовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований и Правительства ХМАО-Югры были продолжены работы в нижнем течении р.Конды (руководитель гранта Т.Н. Собольникова). Выявлено более 30 новых поселенческих комплексов, получены коллекции артефактов (керамики) и материалы для естественнонаучных исследований. Хронологический диапазон выявленных памятников охватывает период с эпохи бронзового века до средневековья (рубеж III - II тыс. до н.э. - X-XIII вв.). Детальное изучение полученных материалов еще предстоит, но уже сейчас можно сделать выводы, что районы Нижней Конды были освоены начиная с неолита (V-IV тыс. до н.э.) и заканчивая средневековьем (X-XIII вв.) и что судя по количеству поселений, их внушительным размерам и планиграфическим особенностям наиболее активно эти районы обживались в бронзовом веке (III тыс. – начало I тыс. до н.э.).
В планах отдела – не сворачивать с избранного курса: продолжать экспозиционную и экспедиционную деятельность, публиковать научные и научно-популярные статьи, издавать каталоги, раскрывать тайны прошлого Югры.
14 февраля 2019 г. в 16:00 в музее совместно с еще одним юбиляром – отделом палеонтологии, состоится открытие выставки «АрхеоПалеоЛогично», посвященной двойному юбилею.