Няганский городской краеведческий музей создан на основании распоряжения главы местного самоуправления города Нягани Е. И. Делова от 6 июля 1999г. «Об открытии музея». Открыть музей планировалось в 2000 году — к 15-летию города. Музей создавался буквально на пустом месте, без здания и фондовых коллекций, без штата специалистов. В предельно сжатые сроки (за один год) была поставлена задача сформировать фонды, параллельно начались работы по переоборудованию здания бывшего магазина под музей.
Первыми поступлениями, ставшими основой музейного собрания, были археологические коллекции с поселенческо-погребального комплекса на р. Ендырь (Октябрьский район), переданные сотрудниками Института истории и археологии УрО РАН и НПМП «Волот» С.Ф. Кокшаровым и А.П. Зыковым. В дальнейшем, благодаря традиционным формам сбора экспонатов (экспедициям, дворовым обходам, обращения к населению и т.д.), задача была решена. К официальному открытию музея его фонды насчитывали более 5 000 экспонатов.
Доисторический экран — Палеофауна доледникового и ледникового периода. 500 млн. лет назад — 10000 лет назад (палеонтологическая коллекция). В экспозиции представлена коллекция древних ископаемых, которую подарил музею ученый палеонтолог из Екатеринбурга Павел Косинцев.
Легендарный Эмдер — Социально-экономическая характеристика Нижнего Приобья в эпоху средневековья (коллекция с раскопок Ендырьского городища и могильника на р. Ендырь, макет-реконструкция древнего городка), XII — XVI вв.
Истоки мастерства — этапы последовательного развития натурального хозяйства с древнейших времен до наших дней (предметы быта и одежды коренного населения хаты, манси). Раздел экспозиции этнографического комплекса, является своеобразным связующим звеном между прошлым и настоя¬щим. Задача экспозиции — показать яркость, самобытность культуры коренного на¬селения, живучесть древних традиций.
Храм на Оби — Христианизация Обского Севера (макет Свято-Троицкого монастыря) XVII — нач. XX вв. Начинается новый этап в истории Западной Сибири. С приходом дружин Ермака в Сибирь территория Севера Западной Сибири постепенно входила в состав Российского государства проводившего политику «кнута и пряника» по отношению к местному населению, т.е. притягивало на свою сторону отдельных князей, через которых и проводило свою экспансию.
Окно в ХХ век. Вклад сибирского купечества в освоении Нижнего Приобъя (наличник с купеческого дома из села Малый Атлым, конец XIX века). В наши дни, как никогда ранее, в российской исторической науке велик интерес к фигуре предпринимателя и его роли в экономической, общественной и культурной жизни страны. Особый интерес представляет период второй половины XIX — начала XX в., когда буржуазные реформы ликвидировали многие препятствия на пути развития предпринимательства, и в России шел процесс активного формирования буржуазии. Сибирское купечество представляло собою одну из значительных по численности и своеобразных по источникам формирования и деятельности групп российской буржуазии.
Этапы роста — Этапы заселения территории Октябрьского района и строительства г.Нягань (предметы быта, документы фотографии и др., ХХ век).