9 июля 2012 года исполнилось 80 лет со дня образования Государственного музея Природы и Человека. История музея началась в сложное и трагическое для страны и округа время. 9 июля 1932 года постановлением Президиума Уральского областного исполнительного комитета во вновь образованном Остяко-Вогульском национальном округе «в рамках развернутого плана мероприятий по хозяйственному и культурному строительству» было принято решение «о создании окружного музея в городе Остяко-Вогульске (прим. — ныне Ханты-Мансийск) и о выделении для него из Тобольского музея экспонатов и материалов, имеющих отношение к Остяко-Вогульскому музею». Создание музея представлялось властям делом важным и нужным, прежде всего, в целях «ликвидации в ближайшие годы хозяйственной и культурной отсталости туземных народностей Уральского Севера». Несмотря на важность принятого решения, работа по организации музея началась только в 1934 году. 1 июля 1934 года научным работником для организации музея в г. Остяко-Вогульске был назначен Шабалин Иван Андреевич. 15 октября 1934 года вышло постановление Президиума Остяко-Вогульского окружного исполнительного комитета «О развертывании работы окружного музея», в котором созданию музея придавалось большое «научно-политическое значение».
В конце 1935 года музею было выделено помещение — старый временный барак «Рыбтреста» по адресу: улица Комсомольская, д. 9, построенный одним из первых при основании города. Под музей было выделено около 132 кв. м, в том же здании размещалась и детская библиотека. Помещение музея было темным, сырым и холодным, о чем неоднократно отмечает в своих докладных записках директор музея. Но вопреки этому 4 ноября 1936 года музей открыл свои двери для посетителей. Экспозиция состояла из восьми разделов, характеризующих политическую историю, природные богатства и экономику округа, новый и старый быт народов ханты и манси. Основу экспозиции составляли экспонаты юбилейной выставки, организованной к пятилетию Остяко-Вогульского национального округа. По разному поступали экспонаты в музей: их приобретали, получали в дар, целевым назначением они передавались в музей прямо со стендов юбилейных выставок, из кабинетов Остяко-Вогульского окружного отдела Народного комиссариата внутренних дел (НКВД) и Березовского районного исполнительного комитета после разгрома Казымского восстания и массовых репрессий 1937 года.
Трагически сложилась судьба первого директора музея Ивана Андреевича Шабалина, бывшего члена партии левых эсеров, ссыльного. 20 февраля 1936 года он был отстранен от должности без объяснения причин, 8 июля 1937 года арестован, а 12 августа 1937 года расстрелян в Тобольске. Реабилитирован посмертно 6 июня 1989 года.
С 1934 по 1952 годы музей возглавляли настоящие энтузиасты своего дела: И.А. Шабалин, В.С. Денисенко, С.П. Лифшиц, М.А. Камкова, М.А. Воскобойников, П.Г. Иваницкий, В.П. Гаврин.
Если разделить историю окружного музея на этапы, то второй этап в его развитии связан с именами Юлии Сергеевны Липчинской, возглавлявшей музей с 1952 по 1963 годы, и Аркадия Николаевича Лоскутова, директора музея с 1964 по 1981 годы. Конец 1950-х — начало 1960-х годов отмечены важными изменениями в жизни отечественных музеев, которые стремились вернуть себе статус научного, а не только пропагандистского учреждения. В штате окружного краеведческого музея впервые со времени его основания появились должности научных сотрудников, на которые были приняты в 1955 году выпускница исторического факультета Уральского государственного университета, археолог, Татьяна Петровна Воробьева, а в 1958 году — выпускник биолого-почвенного факультета Ленинградского государственного университета, биолог, Юрий Иванович Гордеев. С приходом в музей молодых специалистов научная работа вышла на качественно новый уровень, активизировалась и выставочная работа. Впервые в своей истории музей организовывает экспедиции и длительные командировки по округу с научными целями. В июне-августе 1956 года Ханты-Мансийским окружным краеведческим музеем совместно с Институтом истории материальной культуры Академии наук СССР была организована комплексная экспедиция по изучению природных условий, истории и экономики Приказымья. Во время экспедиции, на протяжении всего маршрута, была проведена археологическая разведка, в ходе которой были открыты археологических памятники, а также собран богатый этнографический материал по культуре хантов р. Казым.
1 февраля 1960 года музей закрыли на реконструкцию. В течение года было разобрано старое здание, заложен кирпичный фундамент, изготовлен и сложен новый сруб, а к 11 января 1961 года завершились все строительные работы. Площадь нового здания музея составляла 350 кв.м. В 1962 году музей вновь был открыт для посетителей.
16 июля 1964 года на должность директора музея был назначен Аркадий Николаевич Лоскутов. Под руководством нового директора в музее широко развернулась просветительская работа. Выросла посещаемость музея, впервые музей организует многодневные выезды сотрудников с выставками и лекциями на места строительства железных дорог, нефте- и газопроводов, в геологические партии. В 1965 году началась регулярная работа музея по экскурсионному обслуживанию туристических теплоходов. По инициативе А.Н. Лоскутова на теплоходе «Аркадий Гайдар» организовали передвижной музей. Но особая заслуга Аркадия Николаевича Лоскутова состоит в том, что, благодаря его настойчивым ходатайствам, в 1981 году было начато строительство здания окружного краеведческого музея в центре города Ханты-Мансийска по адресу: ул. Мира, 11, где и сегодня расположен музей. В 1981 году Аркадий Николаевич Лоскутов ушел из жизни, он умер на рабочем месте.
С 1981 по 1986 гг. ведется строительство нового здания музея в капитальном исполнении, а с 1986 по 1991 год коллектив музея работает над новой стационарной экспозицией. 1 декабря 1991 года для посетителей музея была открыта новая экспозиция.
Начало следующему этапу в истории развития музея следует вести с Постановления Губернатора Ханты-Мансийского автономного округа — Югры о преобразовании Ханты-Мансийского окружного краеведческого музея в Учреждение Ханты-Мансийского автономного округа — Югры «Музей Природы и Человека». Результатом реализации этого постановления стала реконструкция музея с использованием самых современных технологий и достижение качественно нового уровня развития окружного музея по всем направлениям его деятельности. Сегодня, по оценкам специалистов, это один из самых современных музеев не только в Уральском федеральном округе, но и в России.
В фондах Государственного музея Природы и Человека на хранении находится более ста сорока тысяч памятников истории и культуры Югры, многие из которых по праву причислены к уникальным.
Свой очередной юбилей музей Природы и Человека встречает полностью обновленным, прекрасно оснащенным исследовательским и музейным центром, способным достойно нести свою миссию по изучению, сохранению и популяризации историко-культурного наследия Ханты-Мансийского автономного округа — Югры.